中國科學(xué)院水生生物研究所是全國較早被批準建立博士后流動(dòng)站的單位之一。1991年6月，經(jīng)國家批準，水生生物研究所正式設立生物學(xué)博士后科研流動(dòng)站；2014年9月，獲批新設環(huán)境科學(xué)與工程博士后科研流動(dòng)站。2023年10月，獲批新設水產(chǎn)博士后科研流動(dòng)站。截止到2023年12月底，累計招收和培養博士后研究人員376人。當前在站博士后112人，其中與企事業(yè)單位博士后科研工作站及博士后創(chuàng )新實(shí)踐基地聯(lián)合招收博士后32人。
水生生物研究所的博士后培養工作對促進(jìn)國內外相關(guān)學(xué)科方向的學(xué)術(shù)交流和高水平人才的培養起到了非常積極的作用，同時(shí)也通過(guò)與企業(yè)聯(lián)合招收的方式積極推動(dòng)了相關(guān)行業(yè)的產(chǎn)研合作，近年來(lái)合作的企事業(yè)單位包括：長(cháng)江水利委員會(huì )長(cháng)江科學(xué)院、中國長(cháng)江三峽集團公司、中國市政工程中南設計研究總院有限公司、江西省生態(tài)環(huán)境科學(xué)研究與規劃院、上海勘測設計研究院、廣東海大集團有限公司、中交第二航務(wù)工程勘察設計院有限公司、中國水產(chǎn)科學(xué)研究院黑龍江水產(chǎn)研究所、廣東海洋大學(xué)深圳研究院、江西省水利科學(xué)研究院、西藏自治區農牧科學(xué)院、江西金達萊環(huán)保股份有限公司、武漢市農業(yè)科學(xué)技術(shù)研究院、江蘇省海洋資源開(kāi)發(fā)研究院（連云港）、上海科技館、鱘龍水產(chǎn)食品科技開(kāi)發(fā)有限公司、深圳大學(xué)高新技術(shù)等20余家。
